Update databases, libraries by mauri101-Ar · Pull Request #16 · omics-datascience/BioAPI

mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

Genarito · 2026-06-11T20:24:00Z



+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


Usar inglés para el código

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:27:08Z

+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# Descripcion:
+# Procesa el archivo databases/oncokb/oncokb_precision_oncology_therapies.tsv


Pasar a inglés todo el archivo

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
Este caso en particular, es un archivo temporal que se descarga del mismo bash que importa datos a mongodb. Se agrego qeu se elimine el archivo en el mismo script bash

… for better clarity and functionality

mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

Genarito · 2026-06-11T20:24:00Z



+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


Usar inglés para el código

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:27:08Z

+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# Descripcion:
+# Procesa el archivo databases/oncokb/oncokb_precision_oncology_therapies.tsv


Pasar a inglés todo el archivo

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
Este caso en particular, es un archivo temporal que se descarga del mismo bash que importa datos a mongodb. Se agrego qeu se elimine el archivo en el mismo script bash

… for better clarity and functionality

mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

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+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


Usar inglés para el código

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:27:08Z

+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# Descripcion:
+# Procesa el archivo databases/oncokb/oncokb_precision_oncology_therapies.tsv


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Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
Este caso en particular, es un archivo temporal que se descarga del mismo bash que importa datos a mongodb. Se agrego qeu se elimine el archivo en el mismo script bash

… for better clarity and functionality

mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

Genarito · 2026-06-11T20:24:00Z



+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


Usar inglés para el código

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:27:08Z

+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# Descripcion:
+# Procesa el archivo databases/oncokb/oncokb_precision_oncology_therapies.tsv


Pasar a inglés todo el archivo

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
Este caso en particular, es un archivo temporal que se descarga del mismo bash que importa datos a mongodb. Se agrego qeu se elimine el archivo en el mismo script bash

… for better clarity and functionality

mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

Genarito · 2026-06-11T20:24:00Z



+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


Usar inglés para el código

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:27:08Z

+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# Descripcion:
+# Procesa el archivo databases/oncokb/oncokb_precision_oncology_therapies.tsv


Pasar a inglés todo el archivo

traducidos comentarios y variables

Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
Este caso en particular, es un archivo temporal que se descarga del mismo bash que importa datos a mongodb. Se agrego qeu se elimine el archivo en el mismo script bash

… for better clarity and functionality

mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

Genarito · 2026-06-11T20:24:00Z



+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


Usar inglés para el código

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Genarito · 2026-06-11T20:27:08Z

+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# Descripcion:
+# Procesa el archivo databases/oncokb/oncokb_precision_oncology_therapies.tsv


Pasar a inglés todo el archivo

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Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
Este caso en particular, es un archivo temporal que se descarga del mismo bash que importa datos a mongodb. Se agrego qeu se elimine el archivo en el mismo script bash

… for better clarity and functionality

mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

Genarito · 2026-06-11T20:24:00Z



+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


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+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
+# Descripcion:
+# Procesa el archivo databases/oncokb/oncokb_precision_oncology_therapies.tsv


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Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
Este caso en particular, es un archivo temporal que se descarga del mismo bash que importa datos a mongodb. Se agrego qeu se elimine el archivo en el mismo script bash

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mauri101-Ar · 2026-06-11T17:24:05Z

The script oncokb_oncology_therapies_xlsx2json.py was implemented to convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB.
The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB.
The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected.
MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2.
The Python libraries were updated.
The biological databases were updated.
All documentation was updated

…o convert OncoKB's precision oncology therapies from TSV format to JSON for import into MongoDB. - The script string2mongodb.sh was created to facilitate importing data from the STRING database into MongoDB. - The R script for retrieving gene data from BioMart was corrected. - MongoDB was updated from version 6.0.12 to 8.3.2. - The Python libraries were updated. - The biological databases were updated.

Genarito · 2026-06-11T20:24:00Z



+# GRCh38 ####
+ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 


Dejar explícito el parámetro GRCh = 38 acá. Por si el día de mañana la librería decide cambiar el default como se le cantan las bolas

Al definir "useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")" ya le estamos diciendoq ue es el 38. Si se lo explisitamos tira error:
Error in useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", : unused argument (GRCh = 38).

Genarito · 2026-06-11T20:25:19Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:29Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:25:37Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.

Genarito · 2026-06-11T20:26:36Z

+args = parser.parse_args()
+
+
+def clean_value(value):


Descripción de qué hace y para qué serviría. Y tipar, al parecer es un str | None y devuelve un str | int | None

Genarito · 2026-06-11T20:26:55Z

- archivo_salida = c.output
- tsvfile = open(archivo)
- contenido = csv.reader(tsvfile, dialect='excel', delimiter='\t')
+ archivo = args.input


Usar inglés para el código

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Genarito · 2026-06-11T20:27:08Z

+# -*- coding: utf-8 -*-
+#
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Genarito · 2026-06-11T20:28:03Z

Estos datos debería descargarse cuando uno quiera hacer la importación de los datos de manera manual. No se deben pushear al repositorio

se agregegaron a .gitignore y se corrio comando git rm -r --cached para cada uno de los que no debian estar en el repo.
Se reviso que en la documentacion se explique bien de donde obtener esos archivos.
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		# GRCh38 ####
		ensembl_grch38 = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

		args = parser.parse_args()


		def clean_value(value):

		args = parser.parse_args()


		def clean_value(value):

		args = parser.parse_args()


		def clean_value(value):

		args = parser.parse_args()


		def clean_value(value):

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