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Develop #840

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Jun 24, 2026
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Develop #840

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c48a6ed
Move CI to GitHub CI and remove legacy Jenkinsfile
Peter-J-Freeman Jun 23, 2026
e2e1e81
Update Dockerfile for SeqRepo to create internal Volume
Peter-J-Freeman Jun 23, 2026
1300f53
Update dockerfiles, ci workflow and container naming
Peter-J-Freeman Jun 23, 2026
2d24052
Raise max MySQL connections in Docker
Peter-J-Freeman Jun 23, 2026
07ec322
Merge pull request #839 from openvar/git_ci
Peter-J-Freeman Jun 24, 2026
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258 changes: 258 additions & 0 deletions .github/workflows/ci.yml
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,258 @@
name: VariantValidator CI

on:
push:

pull_request:
branches:
- main
- develop

jobs:

test:

runs-on: ubuntu-latest
timeout-minutes: 60

env:
DOCKER_NETWORK: variantvalidator-network

steps:

##################################################################
# Free disk space
##################################################################

- name: Free disk space
run: |
echo "===== Before cleanup ====="
df -h

sudo rm -rf /usr/share/dotnet
sudo rm -rf /opt/ghc
sudo rm -rf /usr/local/lib/android
sudo rm -rf /opt/hostedtoolcache

docker system prune -af || true

echo
echo "===== After cleanup ====="
df -h

##################################################################
# Checkout
##################################################################

- uses: actions/checkout@v4

##################################################################
# Create Docker network
##################################################################

- name: Create Docker network
run: docker network create ${DOCKER_NETWORK}

##################################################################
# Build VVTA
##################################################################

- name: Build VVTA PostgreSQL
run: |
docker build \
--no-cache \
-f db_dockerfiles/vvta/Dockerfile \
-t postgres-vvta \
db_dockerfiles/vvta

- name: Run VVTA PostgreSQL
run: |
docker run -d \
--name vv-vvta \
--network ${DOCKER_NETWORK} \
--shm-size=2g \
postgres-vvta

##################################################################
# Build Validator DB
##################################################################

- name: Build Validator MySQL
run: |
docker build \
--no-cache \
-f db_dockerfiles/vdb/Dockerfile \
-t mysql-validator \
db_dockerfiles/vdb

- name: Run Validator MySQL
run: |
docker run -d \
--name vv-vdb \
--network ${DOCKER_NETWORK} \
mysql-validator

##################################################################
# Build SeqRepo
##################################################################

- name: Build SeqRepo
run: |
docker build \
--no-cache \
-f db_dockerfiles/vvsr/Dockerfile \
-t seqrepo-validator \
db_dockerfiles/vvsr

- name: Run SeqRepo
run: |
docker run -d \
--name vv-seqrepo \
--network ${DOCKER_NETWORK} \
seqrepo-validator

##################################################################
# Wait for MySQL
##################################################################

- name: Wait for MySQL
run: |
until docker exec vv-vdb \
mysqladmin ping \
-u vvadmin \
-pvar1ant \
--silent
do
sleep 5
done

echo "MySQL ready."

##################################################################
# Wait for VVTA initialisation
##################################################################

- name: Wait for VVTA initialisation
run: |
until docker logs vv-vvta 2>&1 | \
grep -q "PostgreSQL init process complete; ready for start up."
do
sleep 10
done

echo "VVTA ready."

##################################################################
# Build VariantValidator
##################################################################

- name: Build VariantValidator
run: |
docker build \
--no-cache \
-t variantvalidator \
.

##################################################################
# Run VariantValidator
##################################################################

- name: Run VariantValidator
run: |
docker run -d \
--name variantvalidator \
--network ${DOCKER_NETWORK} \
--volumes-from vv-seqrepo:ro \
variantvalidator

##################################################################
# Run tests
##################################################################

- name: Run pytest
run: |
docker exec variantvalidator \
pytest \
-n 4 \
--cov=VariantValidator \
--cov=VariantFormatter \
--cov-report=xml \
tests

##################################################################
# Copy coverage
##################################################################

- name: Locate coverage.xml
if: always()
run: |
docker exec variantvalidator \
find / -name coverage.xml 2>/dev/null || true

- name: Copy coverage.xml
if: always()
run: |
docker cp \
variantvalidator:/app/coverage.xml \
coverage.xml || true

##################################################################
# Upload coverage
##################################################################

- name: Upload coverage to Codecov
if: always()
uses: codecov/codecov-action@v5
with:
files: coverage.xml
fail_ci_if_error: false
token: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}

##################################################################
# Diagnostics
##################################################################

- name: Disk usage
if: always()
run: |
echo "===== Disk ====="
df -h

echo
echo "===== Docker ====="
docker system df

##################################################################
# Logs on failure
##################################################################

- name: Container logs
if: failure()
run: |
echo "===== VariantValidator ====="
docker logs variantvalidator || true

echo
echo "===== VVTA ====="
docker logs vv-vvta || true

echo
echo "===== MySQL ====="
docker logs vv-vdb || true

echo
echo "===== SeqRepo ====="
docker logs vv-seqrepo || true

##################################################################
# Cleanup
##################################################################

- name: Cleanup
if: always()
run: |
docker stop variantvalidator vv-seqrepo vv-vdb vv-vvta || true

docker rm variantvalidator vv-seqrepo vv-vdb vv-vvta || true

docker network rm ${DOCKER_NETWORK} || true
140 changes: 0 additions & 140 deletions Jenkinsfile
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